Symphony Compare (可选)

Overview

注意: Symphony Compare 需要使用 OpenRouter 作为提供商。这是此模块唯一支持的提供商。

symphonyCompare 是一个高级模块，它协调多个 AI 模型以比较细胞类型并自动建立共识。它并行使用多个 AI 模型进行全面的细胞类型比较，当模型对最佳匹配细胞类型存在分歧时，自动触发讨论轮次。可以把它想象成一个专家生物学家小组在辩论并达成共识。

Quick Start

results <- symphonyCompare(
  tissue = "peripheral blood",
  celltypes = c("T cell", "B cell", "NK cell", "Monocyte"),
  marker_set = c("CD3", "CD4", "CD8", "CD19", "CD20", "CD16", "CD56", "CD14"),
  species = "human"
)

cat("Consensus:", results$consensus, "\n")
cat("Confidence:", sprintf("%.1f%%", results$confidence * 100), "\n")
R

Input

标记基因: 来自 CASSIA 之前结果或您自己分析的字符向量或逗号分隔的标记基因字符串
候选细胞类型: 要比较的 2-4 种细胞类型的向量
组织背景: 正在分析的组织类型
物种: 样本的物种（默认：人类）

Parameters

Required Parameters

参数	类型	描述
`tissue`	字符串	被分析的组织类型（例如，"blood", "brain", "liver"）
`celltypes`	字符向量	要比较的 2-4 种细胞类型的向量
`marker_set`	字符向量/字符串	标记基因的列表或字符串

Optional Parameters

参数	类型	默认值	描述
`species`	字符串	`"human"`	样本的物种
`model_preset`	字符串	`"budget"`	要使用的预配置模型集合。`"premium"`: 高性能组合 (Gemini 3 Pro, Claude Sonnet 4.5, GPT-5.1, Grok 4)。`"budget"`: 具成本效益的模型 (DeepSeek V3.2, Grok 4 Fast, Kimi K2, Gemini 2.5 Flash)
`enable_discussion`	逻辑值	`TRUE`	如果为 TRUE，若未达成初始共识，模型将"讨论"并重新考虑其投票
`generate_report`	逻辑值	`TRUE`	是否生成分析的 HTML 报告
`verbose`	逻辑值	`TRUE`	是否向控制台打印进度消息

Advanced Parameters

参数	类型	默认值	描述
`max_discussion_rounds`	整数	`2`	允许的最大讨论轮数
`consensus_threshold`	数值	`0.8`	声明共识所需的置信度阈值（0-1）

Output

函数返回一个包含共识结果的列表，并生成输出文件。

返回值:

results: 所有模型响应和分数的列表
consensus: 共识细胞类型（如果达成）
confidence: 共识的置信度水平（0-1）
csv_file: 生成的包含详细结果的 CSV 文件路径
html_file: 生成的交互式 HTML 报告路径（如果启用）
summary: 比较的汇总统计信息