单簇分析

概述

runCASSIA 函数分析单个标记基因簇以识别细胞类型。此函数专为只需分析单个簇的用户设计。

注意：CASSIA 可以通过批量处理一次性处理多个簇。当您只需要注释单个簇时，请使用此函数。

快速开始

result <- runCASSIA(
    marker_list = c("CD3D", "CD3E", "CD2", "TRAC"),
    model = "anthropic/claude-sonnet-4.6",
    tissue = "blood",
    species = "human",
    provider = "openrouter"
)

# 查看注释结果
print(result$structured_output)
R

模型推荐请参阅如何选择模型和提供商。

输入

标记基因列表格式

提供一个包含簇标记基因名称的字符向量：

marker_list <- c("CD3D", "CD3E", "CD2", "TRAC", "IL7R")
R

这些应该是表征您感兴趣簇的顶级差异表达基因。

参数

必需参数

参数	描述
`marker_list`	簇的标记基因名称字符向量
`model`	LLM 模型 ID（例如 `"anthropic/claude-sonnet-4.6"`）
`tissue`	组织类型（例如 `"blood"`、`"brain"`）
`species`	物种（例如 `"human"`、`"mouse"`）
`provider`	API 提供商（`"openrouter"`、`"openai"`、`"anthropic"`）

可选参数

参数	默认值	描述
`temperature`	0	输出随机性（0=确定性，1=创造性）。保持为 0 以获得可重复结果。
`additional_info`	`NULL`	关于样本的额外实验上下文
`validator_involvement`	`"v1"`	验证强度：`"v1"`（中等）或 `"v0"`（高，较慢）
`reasoning`	`NULL`	兼容模型的推理深度（`"low"`、`"medium"`、`"high"`）。见下文。

参数详情

模型选择

默认：anthropic/claude-sonnet-4.6 以获得最佳性能
替代：google/gemini-3-flash-preview 以获得更快分析
使用 OpenRouter 时，请指定完整的模型 ID
详细推荐请参阅如何选择模型和提供商

推理参数

控制兼容模型的推理深度（通过 OpenRouter 使用 GPT-5 系列）
选项："low"、"medium"、"high"
省略此参数以使用标准模式
详见推理深度参数

额外上下文

使用 additional_info 提供实验上下文
示例："来自肿瘤微环境的样本，关注免疫浸润"

输出

函数返回包含两个组件的列表：

组件	描述
`structured_output`	包含预测细胞类型和推理的注释结果
`conversation_history`	用于调试和透明度的完整对话日志